در کشورها، نظامی وجود دارد بنام «نظام نوآوری ملی» که شبکه ای است متشکل از نهادهای مختلف که در ارتباط منطقی با یکدیگر، ضمن برقراری جریان اطلاعات و تبادل فی مابین، زمینه و بستر مناسب تولید و توسعه علم و فناوری را فراهم می سازد. این نظام، زنجیره ارزشی ایده تا محصول و بازار را شکل می دهد و فضای نوآوری و فعالیت های نوآورانه را در سرتاسر این زنجیره مهیا می کند.آموزش عالی یکی از اجزای اصلی و محوری در این شبکه و نظام است. در نتیجه مفاهیم کیفیت در آموزش عالی در چارچوب نظام نوآوری ملی که در هزاره سوم حتی به «نظام نوآوری ملی باز» نیز تبدیل شده است، قابل بررسی و تحلیل می باشد. در واقع با رویکرد سیستمی، کیفیت در آموزش عالی از طرفی تاثیرپذیر از «نظام نوآوری ملی باز» است و از سوی دیگر تاثیرگذار بر آن نیز خواهد بود. بنابراین کیفیت در آموزش عالی مقوله ای است چندبعدی که مستلزم برنامه کیفیت و مدیریت بر آن است.این مقاله قصد دارد ضمن بیان جایگاه آموزش عالی در نظام نوآوری ملی و تاکید بر تحول ایجاد شده در ماموریت دانشگاه ها، نقش مدیریت تکنولوژی را نیز در بحث کیفیت با نگاه سیستمی منعکس سازد. سپس باتشریح دیدگاه ها و مدل ها در خصوص کیفیت در آموزش عالی، تعریف کیفیت را با توجه به جایگاه و ماموریت جدید آموزش عالی، بهمراه مدل مفهومی پیشنهادی ارائه نماید. بدیهی است کیفیت مفهومی است که باید بصورت جریان و فرهنگ نه صرفا ابزاری، در محیط های آموزش عالی نگریسته شود تا زمینه های نهادینه شدن آن فراهم آید. در این ارتباط ضروری است که برنامه کیفیت کوتاه مدت و بلندمدت بطور هماهنگ و موازی در چارچوب نظام نوآوری حاکم بر آموزش عالی تدوین، برنامه ریزی و اجرا شود.